Транскраниальная магнитная стимуляция может применяться в психиатрии, неврологии, эпилептологии, для лечения депрессии, болезни Паркинсона, эпилепсии, слуховых галлюцинаций при шизофрении, амиотрофического латерального склероза, восстановления после травмы спинного мозга, для реабилитации после инсульта, облегчения симптомов при болезни двигательного нейрона, для коррекции расстройств вкуса.